Está localizada a 41°5′40″ latitud norte, 2º25'18" longitud oeste y una altura de unos 1093 m sobre el nivel del mar.
Benamira está situada a los pies de la Sierra Ministra, la cual sirve de enlace entre el Sistema Central y el Sistema Ibérico.
Aunque en el pasado constituía un municipio independiente, actualmente forma parte de Medinaceli.
A su pie, se localiza el nacimiento del río Jalón.
[1] A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituyó en municipio constitucional en la región de Castilla la Vieja[2] que en el censo de 1842 contaba con 59 vecinos y 241 habitantes.