El nacimiento del río Aranda, según la Confederación Hidrográfica del Ebro, se encuentra a unos 1000 m sobre el nivel del mar, en las inmediaciones de la localidad de Pomer, lindando con la raya de Aragón y Castilla.

En el tramo del nacimiento el cauce permanece seco durante parte del año hasta que recibe las aguas de Lagüén, manantial caudaloso situado en el término de Aranda de Moncayo a dos kilómetros al oeste de la población y considerado tradicionalmente el nacimiento del río.

En la huerta de Aranda aportan sus aguas dos barrancos con fuerte estiaje.

La aportación natural del río Aranda al sistema Jalón es de 63,2 hm³, de los cuales corresponden al río Isuela 23,2 hm³.

siguiendo el cauce y atravesando el bosque de ribera.