El río se interna ahora en la Reserva, que ya no abandonará en la parte ecuatoriana, y alcanza Remolino.
En la última parte de su curso el río será frontera, primero provincial, entre la provincia de Orellana, al sur, y Sucumbíos, al norte, un tramo en el que alcanza Zancudo y América Vargas.
En la última parte, tras recibir por la izquierda al río Garza-Cocha, formará la frontera ecuatoriano-peruana, un tramo en el que alcanza Pichincha, Progreso, Castaña, Destacamento Cocaya y finalmente desemboca en el río Napo, en la misma frontera, un poco por encima de la localidad de Pantoja.
Finalmente envió a tres hombres con un mensaje y comenzó la construcción de un nuevo barco, el Victoria.
La San Pedro bordeó Trinidad por el norte y alcanzó Cubagua el 9 de septiembre.
Sus actividades económicas se basan principalmente en la caza, la pesca y en algunas ocasiones el turismo.