Sin embargo, este período de semi-independencia fue breve, ya que las fuerzas romanas invadieron Samaria y llevaron a Baba Rabba cautivo a Constantinopla, donde murió en prisión varios años después, alrededor del 362 CE.

Zenón tomó entonces para sí el monte Gerizim, donde los samaritanos adoraban a Dios, y construyó varios edificios, entre ellos una tumba para su hijo recién fallecido, sobre la que puso una cruz, para que los samaritanos, adorando a Dios, se postraran ante la tumba.

Los samaritanos reaccionaron entrando en la catedral de Neápolis, matando a los cristianos que había dentro y cortando los dedos del obispo Terebinto.

[1]​[4]​ Terebinto, mientras tanto, huyó a Constantinopla, solicitando una guarnición del ejército para evitar nuevos ataques.

[5]​ Como resultado de la revuelta, Zenón erigió una iglesia dedicada a la Virgen María en el monte Gerizim.

Estas acciones del emperador avivaron aún más la ira de los samaritanos hacia los cristianos.

[4]​ Los samaritanos se rebelaron de nuevo en el año 495, durante el reinado del emperador Anastasio I Dicoro, volviendo a ocupar el monte Gerizim.

[1]​ La revuelta fue posteriormente reprimida por el gobernador bizantino de Edesa, Procopio,[4]​ y los líderes samaritanos fueron asesinados.

[cita requerida] Como respuesta, las fuerzas del dux Palaestinae, combinadas con las unidades de los gobernadores locales y el árabe gasánida Filarca, fueron enviadas para hacer frente al levantamiento.

[1]​ Además, Samaria, la «tierra más fértil del mundo, se quedó sin nadie que la cultivara»".

En esta ocasión los judíos y los samaritanos parecen haber hecho causa común, comenzando su rebelión en Cesarea a principios de julio.

Sin embargo, esto es probablemente una exageración, ya que el castigo parece haberse limitado al distrito de Cesarea.

El emperador Justino II (r. 565-578) se quejó de los ultrajes cometidos por....Samaritanos al pie del Monte Carmelo sobre las iglesias cristianas y las imágenes sagrada.

[16]​ La dura persecución de los samaritanos fue, sin embargo, dirigida por los califas más fanáticos, como Al-Mansur (754-775), Harún al-Rashid (786-809) y Al-Mutawákkil (847-861).

[17]​ Los líderes religiosos islámicos habían intentado periódicamente consolidar su poder avivando los sentimientos antisamaritanos y, en ocasiones, pidiendo su aniquilación.