El 13 de noviembre, el ala dura (antiperonista) de la dictadura derrocó al general Lonardi para instalar en el Gobierno al general Pedro Eugenio Aramburu (1955-1958), acompañado por un vicepresidente, el almirante Isaac Rojas.
[4][5] Tras la cruel represión, volvieron a tomar protagonismo las acciones de resistencia armada, especialmente los atentados con bombas.
[8] El 17 de marzo, se fugaron del penal de Río Gallegos varios dirigentes peronistas, tales como John W. Cooke, Héctor J. Cámpora, Jorge Antonio, José Espejo y Guillermo Patricio Kelly.
Eso permitió su reemplazo por una nueva generación de dirigentes, también identificados con el peronismo, pero distinto de los burocratizados funcionarios en que se habían convertido sus antecesores, y mucho más combativos: entre los nuevos líderes se contaron Andrés Framini, José Alonso y Augusto Timoteo Vandor.
Entre sus dirigentes más notables se contaron Alejandro Leloir, Atilio García Mellid y Rodolfo Tecera del Franco.
Para sorpresa de los dirigentes que habían apoyado la Revolución Libertadora, el "recuento globular"[nota 2] en esas elecciones determinaron ligeramente más votos en blanco que para la lista triunfadora, la de la Unión Cívica Radical del Pueblo, y tanto el socialismo como el conservadurismo mostraron una fuerza mucho menor de la esperada.
[15] Para las elecciones generales de 1958, dado que el peronismo seguía prohibido, Perón negoció la legalización del mismo —y la entrega de los sindicatos a sus afiliados sin proscripciones— con la Unión Cívica Radical Intransigente, firmando un pacto secreto con Rogelio Frigerio.
[17][18] Frondizi esperaba que los peronistas respondieran dando fin a la resistencia, pero su política económica generó gran resistencia entre los sindicatos, como las grandes huelgas de los trabajadores petroleros, ferroviarios, de la carne, bancarios y metalúrgicos.
[20] La vigencia del Plan Conintes significaba, además, la declaración de ilegalidad de toda huelga o manifestación, la militarización de los principales centros o ciudades industriales como La Plata o el Gran Buenos Aires, y la autorización a las Fuerzas Armadas a realizar allanamientos y detenciones sin cumplir las normas constitucionales.
[22] Dos días después, tras una reunión con los comandantes de las tres armas, Frondizi puso en marcha el Plan Conintes (Conmoción Interna del Estado) evitando así la declaración de la ley marcial, una medida no contemplada en la ley argentina que le exigían los militares—.
[23] El ejecutar el Plan Conintes Frondizi entregó a las Fuerzas Armadas la represión y el juzgamiento de opositores, calificados como “enemigos internos”.
[24] Por entonces las garantías constitucionales ya estaban suspendidas en todo el país, debido al estado de sitio establecido por el Congreso dos años antes por la Ley 14775 sancionada a iniciativa presidencial, que le permitía a Frondizi detener ciudadanos, por su sola decisión.
[23][19][25] De este modo Frondizi estableció una doble estructura represiva: mediante el estado de sitio podía detener a ciudadanos sin acusación ni juicio, y mediante el Plan Conintes las Fuerzas Armadas podían detener y enjuiciar civiles.
[24] Las pericias y constancias de torturas llevaron al diputado Perette a sostener públicamente que las garantías constitucionales estaban «aniquiladas» en Argentina.
[24] La diputada oficialista Nélida Baigorria llegó a afirmar que existía un “procedimiento sistematizado” para realizar las torturas.
[24] Por otra parte la militarización continuó con los ciudadanos ya detenidos o acusados de haber cometido actos subversivos con anterioridad.
[26] Fuera de la resistencia peronista que se venía realizando, inorgánica y descentralizada, surgieron algunos grupos armados.
Su aparición pública tuvo lugar en la Navidad de 1959, cuando coparon una comisaría en Frías (Santiago del Estero).
A continuación quisieron lanzar una guerrilla focalizada en la provincia de Tucumán, pero nunca lograron extenderse y fueron rápidamente derrotados; tras un efímero regreso en 1963, se disolverían definitivamente.
[27] Hubo también un breve intento revolucionario, liderado por el general Miguel Ángel Iñíguez, que en noviembre de 1960, junto con otros militares y civiles, intentaron sin éxito apoderarse del Regimiento de Infantería 11, en Rosario.
Tras la revolución cubana, el grupo se dividió en varios subgrupos, ideológicamente muy discordantes, todos los cuales utilizaban el nombre de la agrupación.
El levantamiento fue liderado por el entonces guardiamarina Julio César Urien y tuvo como fin evidenciar que en las Fuerzas Armadas aún quedaban militares peronistas.