[1] La reserva ocupa la mitad septentrional del departamento de Petén y está bordeada por México (al norte y al oeste) en este último punto, colinda con la reserva ecológica Cañón del Usumacinta localizada en el estado mexicano de Tabasco, y por Belice al este.[3] En la reserva se incluye varios parques nacionales, biotopos bajo protección y sitios arqueológicos.Las zonas núcleo están formados por varios parques nacionales y biotopos protegidos (reservas naturales), en los que no se admiten los asentamientos humanos, ni la tala o extracción de recursos naturales.Las organizaciones internacionales de seguimiento, como el Forest Stewardship Council, certifican actividades como la tala sostenible.En la Cuenca del Mirador, en la parte norte de la reserva, se ubican numerosas antiguas ciudades mayas interconectadas.
