A principios del siglo XII, una comuna auto-gobernada reemplazó al anterior gobierno aristocrático.

Durante la lucha que dividió las ciudades italianas en güelfas y gibelinas, Siena se posicionó entre las segundas, comenzando una larga disputa contra la vecina güelfa Florencia cuyo punto álgido sería la batalla de Montaperti en 1260 a las afueras de Siena.

También duró poco y fue reemplazado por los Quindici (Quince) reformadores en 1385, los Dieci (Diez, 1386-1387), Undici (Once, 1388-1398) y Doce Priores (1398-1399) quienes, al final, entregaron el señorío de la ciudad a Gian Galeazzo Visconti de Milán para defenderla del expansionismo florentino.

Con la elección del sienés Pío II como Papa, los Piccolomini y otras familias nobles pudieron regresar al gobierno, pero después de su muerte el control volvió a manos populares.

Se reanudó la lucha interna, con la facción popular desbancando al partido Noveschi apoyado por Clemente VII: el último envió un ejército, pero fue derrotado en Camollia en 1526.

El Emperador Carlos V se aprovechó de la caótica situación y puso una guarnición española en Siena.

Los ciudadanos la expulsaron en 1552, aliándose con Francia: esto era inaceptable para el Emperador, que envió a un ejército Florentino-Imperial.