En el año 2000, tras la segunda guerra chechena, el territorio fue reincorporado a la Federación de Rusia.
Desde ese año, el gobierno pasó a estar operando en el exilio y en la clandestinidad.
En 1994, Yeltsin desencadenó la llamada primera guerra chechena, que costó la vida a 80.000 personas y que se dio oficialmente por terminada en 1996, con la derrota y retirada de las tropas rusas.
Aunque establecido un alto el fuego, las tropas de ambos bandos continuaron los combates.
Aunque las elecciones fueron consideradas libres y justas, se impidió a los refugiados de la etnia rusa votar mediante amenazas e intimidaciones y las autoridades separatistas se negaron a establecer cabinas electorales fuera del territorio.
Este cambio fue rechazado por varias figuras y líderes militares chechenos, que siguen apoyando la existencia de la república.
Ese mismo año, Ajmed Zakáyev fue proclamado primer ministro de la república separatista en el exilio.
Aunque Estonia propuso reconocer la independencia de la región, esta no fue posible, debido a la presión ejercida por Rusia y elementos prorrusos dentro de la Unión Europea.