Posteriormente a la conquista de Egipto por Umaribn al Jattab, inicia el período religioso islámico.
Las tradiciones cristianas indican que fue el propio apóstol San Marcos quien realizó las primeras predicaciones en tierras del Nilo.
Para el siglo II, Egipto ya era mayoritariamente cristianos, si bien se mantuvieron algunos reductos politeístas hasta casi la conquista islámica.
También existen pequeñas minorías de ortodoxos, cristianos armenios, católicos caldeos, Egipto alberga dos importantes instituciones religiosas.
Los intelectuales sospechosos de mantener creencias ateas han sido procesados por las autoridades judiciales y religiosas.
Posteriormente, en el año 639, Umar ibn al-Jattab conquista Egipto y comienza a expandir el islam suní.