Tras la salida de Mubarak, que había estado gobernando Egipto por la fuerza durante 30 años, se convocaron elecciones presidenciales en las cuales Morsi participó como candidato del Partido Libertad y Justicia, musulmán, fundado por los Hermanos Musulmanes.

Por su parte, la principal coalición opositora, el Frente de Salvación Nacional (FSN), apoyó la medida.

[16]​ La presidencia anunció su rechazo al ultimátum militar y aseguró que ya había iniciado su propio proyecto de reconciliación nacional.

[17]​ En un discurso nocturno televisado, Morsi declaró su intención de no dimitir, ya que era "el presidente legítimo", y dijo estar dispuesto a proteger su cargo "con su propia sangre".

[20]​ Los líderes militares lanzaron inmediatamente después un mensaje titulado "Las Horas Finales", en el que aseguraron estar dispuestos a derramar su sangre contra "los terroristas y los necios".

En la reunión, a la cual la Hermandad musulmana se negó a acudir, se formó una coalición entre los líderes del Frente de Salvación Nacional (Mohamed el-Baradei), el movimiento Tamarod (Mahmoud Bahr), el Partido al-Nour (Younes Makhioun), la autoridad islámica de al-Azhar (Ahmed el-Tayeb) y la iglesia copta (papa Teodoro II).

[34]​ Los miembros del nuevo gobierno egipcio tomaron posesión de sus cargos el martes 16 de julio[35]​ El nuevo gobierno estaba formado por liberales y tecnócratas y no incluía a ningún islamista.

[36]​ El puesto de vicepresidente, que originalmente lo ostentó Mohamed el-Baradei hasta su dimisión, está vacante.

Paralelamente, la Fiscalía Egipcia empezó un procesó legal para la disolución de la Hermandad Musulmana.

[39]​ La Hermandad Musulmana, al haber sido descabazada, no fue capaz de volver a organizar grandes protestas,[40]​ pero la violencia siguió, especialmente contra los cristianos, a los que acusaron de respaldar el Golpe.

[41]​ La posibilidad de una guerra civil en Egipto, fue descartada por Mounir Abdel Nour, un dirigente laico y miembro del FSN.