Ese año fue nombrado director general, cargo que desempeñó hasta noviembre de 2009.
El 7 de marzo, ante el mismo órgano, reafirmó su postura y comunicó que no existía uranio en Irak procedente de Níger, tal y como George W. Bush había denunciado con anterioridad.
En ambos casos, Estados Unidos era contrario a la política de el-Baradei y pretendió su no reelección.
Candidato en las elecciones presidenciales de su país en 2013 tras la caída de Mubarak, renunció denunciando irregularidades en los comicios y manipulación por parte del Consejo militar provisional que gobernaba el país.
ElBaradei, who describes himself as having a Muslim background, sometimes cites his favorite Christian prayer when speaking of his role on the world stage.