Su familia era kĩkũyũ, el grupo étnico más numeroso de Kenia, y residía en la región desde hacía varias generaciones.

Durante este tiempo aprendió a hablar inglés con fluidez y se convirtió al catolicismo.

No obstante, el fin del colonialismo en África Oriental estaba cerca, y políticos kenianos como Tom Mboya proponían formas de hacer accesible la educación de las naciones occidentales a los estudiantes promesa africanos.

[9]​ Tras obtener su Bachelor of Science en 1964, estudió la maestría en Biología en la Universidad de Pittsburgh financiada por el Instituto Africano-Americano,[10]​ y durante su estancia en Pittsburgh experimentó por vez primera una restauración medioambiental cuando ecologistas locales se propusieron limpiar el aire de la ciudad.

Maathai pensó que ello se debía a prejuicios de género y tribales.

[16]​ En abril de 1966 conoció a Mwangi Mathai, otro keniano que había estudiado en América, quien posteriormente se convertiría en su esposo.

Su esposo realizó nuevamente campaña política para lograr un puesto en el Parlamento, esperando representar al distrito electoral de Lang'ata, y ganó.

Maathai acordó pagar a las mujeres una pequeña remuneración por cada semillero que fuese plantado posteriormente en otros lugares.

Poco después del juicio, en una entrevista con la revista Viva, Maathai se refirió al juez como un incompetente o corrupto.

Tras pasar tres días en la prisión femenina de Lang'ata en Nairobi, su abogado hizo una declaración que el tribunal consideró suficiente para proceder a liberarla.

Maathai continuó y fue reelecta como presidenta de la organización cada año hasta que se retiró en 1987.

Como dictaba la ley, renunció a su puesto en la Universidad de Nairobi para hacer su campaña.

Maathai creía que esto era falso e ilegal y llevó el asunto a juicio.

El juez descalifico su candidatura por un tecnicismo [aclaración requerida] Cuando pidió ser readmitida en su trabajo, se le denegó.

Estos fondos permitieron la expansión del movimiento, la contratación de empleados adicionales para llevar sus operaciones a otras partes del mundo y continuar pagando una pequeña contribución a las mujeres que plantaban árboles por todo el país.

Maathai organizó durante la conferencia seminarios y presentaciones para explicar el trabajo del Cinturón Verde en Kenia.

Cuarenta y cinco representantes de quince países africanos viajaron a Kenia durante los siguientes tres años para aprender a realizar programas similares en sus países para combatir la desertificación, la deforestación, la crisis de agua y la hambruna rural.

El gobierno de Kenia, sin embargo, solicitó que el Movimiento Cinturón Verde se escindiera del NCWK, al pensar que la organización debería enfocarse solamente en los asuntos de las mujeres, no en temas ambientales.

Por ello en 1987 Maathai cesó en la presidencia del NCWK y se centró en su nueva organización no gubernamental.

El régimen unipartidista se opuso a muchas de las posturas del movimiento sobre derechos democráticos.

Sugirieron que si Maathai estaba tan cómoda escribiendo a los europeos, quizás debería vivir en Europa.

Varias organizaciones internacionales y ocho senadores estadounidenses (entre ellos Al Gore y Edward M. Kennedy) presionaron al gobierno de Kenia para que o retiraba los cargos contra los activistas prodemocracia o se arriesgaban a perjudicar las relaciones con los Estados Unidos.

[46]​ Al no ser liberados los presos políticos, los manifestantes —madres en su mayoría de los presos— trasladaron la protesta a la Catedral All Saints, sede del Arzobispado Anglicano en Kenia.

[47]​ Durante ese periodo Maathai fue reconocida con varios premios internacionales, pero el gobierno de Kenia no apreciaba su labor.

Estando escondida, Maathai fue invitada a una reunión en Tokio de la Cruz Verde Internacional, una organización ambiental recientemente formada por el exlíder soviético Mijaíl Gorbachov.

Sus intenciones fueron muy cuestionadas por la prensa; muchos crecían que debía quedarse dirigiendo el Movimiento Cinturón Verde y no entrar en política.

Allí permaneció hasta junio de 2002 impartiendo un curso sobre desarrollo sostenible centrado en el trabajo del Cinturón Verde.

En 2015 la activista ugandesa Gertrude Kabusimbi Kenyangi recibió el galardón en presencia de la hija de Maathai, Wanjira Maathai, en la ceremonia que tuvo lugar durante el XIV Congreso Forestal Mundial, en Durban, Sudáfrica.

Scholastica y la Universidad Benedictine, se descubrió una estatua en su honor en el campus Atchinson en Kansas.

En cuanto al panorama español, en el Real Jardín Botánico de Madrid se plantó en 2018 una higuera en honor a esta activista medioambiental.