[1]​ Cuando Calderón debe salir del país a raíz de la revolución del 48 se refugia junto a su familia en Nicaragua, y con ayuda de fuerzas somocistas intentaría retomar el poder invadiendo el país en 1948 y en 1955, sin éxito.

[1]​ Las relaciones volverían a ser tensas en 1978 cuando el presidente Rodrigo Carazo Odio (1978-1982) permitió a los sandinistas operar en el norte del país en su lucha contra Anastasio Somoza Debayle.

Durante la presidencia de Luis Alberto Monge Álvarez (1982-1986) los papeles se invertirían y ahora las tensiones serían a raíz de que Monge permitió a contrarrevolucionarios nicaragüenses operar en el país en su lucha contra el gobierno sandinista.

[2]​ Las disputas territoriales retornarían durante la administración de Arnoldo Alemán (1997-2002) sobre la soberanía del Río San Juan y el derecho de las patrullas costarricenses a portar armas en él.

Sin embargo, probablemente uno de los momentos más tensos entre ambos países fue el Conflicto diplomático entre Costa Rica y Nicaragua de 2010-2013 por Isla Calero en que ambos países estuvieron casi al borde del enfrentamiento armado.