Sin embargo, este ente político se disolvió tras las constantes pugnas y guerras civiles que llevaron a su derrumbe.

[2]​ Es precisamente en 1838 que inicia la dictadura de Braulio Carrillo Colina, quien se proclamase jefe vitalicio, pero fuera derrocado en 1842 por el liberal hondureño Francisco Morazán, quien casualmente buscaba restaurar la Federación.

El candidato conservador respaldado por la Iglesia, José Joaquín Rodríguez Zeledón vencería al liberal oficialista Ascensión Esquivel Ibarra.

[7]​[8]​ No obstante la presidencia de Rodríguez fue solo un breve lapso y los liberales retomaron el control poco después.

[12]​ La Francmasonería sería introducida oficialmente en 1865 por el sacerdote Francisco Calvo,[13]​ aunque ya antes hay registro de procesos judiciales contra masones iniciados por extranjeros.

[13]​ En cualquier caso la masonería al igual que la Sociedad Teosófica se popularizarían mucho entre las élites políticas e intelectuales del país.

La Teosofía en particular introduciría al país algunas de las ideas espirituales orientales hasta entonces ajenas, particularmente del budismo.

[14]​ La Constitución Política de 1871, cuerpo normativo que por más largo tiempo ha aplicado en el país, contenía en su artículo 51 una redacción virtualmente idéntica al artículo 75 de la actual constitución: "La Religión Católica, Apostólica Romana, es la del Estado, el cual contribuye a su mantenimiento, sin impedir el libre ejercicio en la Republica, de ningún otro culto que no se oponga a la moral universal ni a las buenas costumbres".

[12]​ El sucesor y yerno de Rodríguez, Rafael Iglesias enfrentaría la candidatura opositora del partido clerical Unión Católica que resultaría fracasada y poco después Iglesias reformaría la Constitución para prohibir la existencia de partidos oficialmente religiosos.

[15]​ A principios del siglo XX oleadas migratorias hacia la Primera República aprovechando los proyectos de desarrollo rurales como las plantaciones bananeras y la construcción del Ferrocarril al Atlántico, o que escapaban de la persecución en sus países de origen, atrajo al país a nuevos grupos étnicos que fueron rompiendo la uniformidad religiosa del país, incluyendo judíos polacos, jamaiquinos protestantes, libaneses maronitas y chinos budistas.