A diferencia de la refrigeración por aire, usa agua como transmisor del calor.Una instalación típica de refrigeración por agua consta de un objeto a enfriar, una bomba hidráulica que hace circular el agua y un radiador como disipador grande, posiblemente con un ventilador.Desde hace pocos años, la refrigeración por agua ha llegado a ser importante para enfriar componentes de la computadora, especialmente la CPU.La refrigeración por agua no solo permite un funcionamiento mejor y más silencioso, sino que al tener una mayor capacidad para disipar calor, permite usar procesadores que se calienten más.Menos habitualmente, se utiliza para refrigerar GPU, puentes norte, discos duros e incluso, fuentes de alimentación.Más recientemente, un número cada vez mayor de compañías están fabricando componentes especializados prefabricados permitiendo que la refrigeración líquida sea lo suficientemente compacta como para caber dentro del chasis de una computadora.Esto, unido al cada vez mayor calor irradiado por los microprocesadores, ha aumentado increíblemente la popularidad de la refrigeración líquida.La Apple Macintosh G5 fue la primera computadora personal producida en serie con un sistema de refrigeración por agua para el CPU.Este sistema es el más utilizado actualmente, sustituyendo el enfriamiento de motor por aire como por ejemplo del Volkswagen Tipo 1 que ha sido de los autos más exitosos del mundo.
Interior de una computadora, mostrando el bloque de agua del CPU y tubos.