Desde su fundación en 1847, han ocupado el cargo de rector de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras 35 académicos, entre 1847 y 2014; teniendo en total 48 rectores desde su fundación hasta la actualidad[1]​.

La elección del Rector se efectúa por el Claustro Pleno de profesores.

La duración del mandato del rector es de 4 años con posibilidad de reelección.

En el siglo XX destaca el logró de la autonomía universitaria en 1957, el que la universidad se despolitiza y se vuelve un ente autónomo, además se logra el 6 % del presupuesto nacional para todos los gastos e inversiones de la UNAH.

reformadora de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras en el siglo XXI.]]