Los musulmanes habían estado presentes en la península ibérica desde la conquista omeya de Hispania en el siglo VIII.

En ese momento, la población musulmana en el antiguo Emirato de Granada se estimaba entre 250 000 y 300 000 personas, que constituían la mayoría en el antiguo emirato y componían aproximadamente la mitad de la población musulmana total en España.

Cuando Fernando e Isabel visitaron la ciudad en el verano de 1499, fueron recibidos por una multitud entusiasta, incluyendo a los musulmanes.

Animado por el aumento de las conversiones, Cisneros intensificó los esfuerzos y en diciembre de 1499 le dijo al papa Alejandro VI que tres mil musulmanes se convertían en un solo día.

[10]​ Sin embargo, el historiador Joaquín Guichot asegura que la evangelización emprendida por Cisneros tuvo éxito.

[11]​ Guichot, en cambio, dice que las conversiones masivas dejaron desiertas las mezquitas y que los mismos faquís, renunciando al culto de sus mayores, las hicieron consagrar como iglesias y sus campanas no dejaron de repicar, lo cual fue percibido por los no conversos, si no contra la letra, al menos contra el espíritu del tratado de Capitulación.

Estos esfuerzos a menudo se centraban en las esposas de hombres musulmanes, un énfasis que enfurecía a la población musulmana, algo que consideraban como una violación de sus familias.

Después de diez días, el levantamiento terminó cuando los musulmanes entregaron sus armas y a los asesinos del alguacil, que fueron ejecutados rápidamente.

[13]​ Posteriormente, Cisneros fue llamado a comparecer ante la corte real en Sevilla para rendir cuentas de sus actos, ante un furioso Fernando.

Sin embargo, Cisneros argumentó que fueron los musulmanes, no él, quienes violaron las capitulaciones al participar en una rebelión armada.

Cisneros regresó a Granada, que ahora se convirtió nominalmente en una ciudad plenamente cristiana.

[1]​ Los habitantes de la sierra, casi exclusivamente musulmanes, sólo habían aceptado a regañadientes el dominio cristiano.

[17]​ Toda la población fue esclavizada, excepto los niños que fueron secuestrados para ser criados como cristianos.

[21]​[1]​[16]​ Durante la captura de Velefique, todos los hombres fueron asesinados y las mujeres esclavizadas.

[19]​ El 16 de marzo, las indisciplinadas tropas del ejército atacaron a los rebeldes.

[23]​ No obstante, esta acometida se encontró con un feroz contraataque que sorprendió a las tropas castellanas inmersas en el pillaje.

[28]​ Dada la cara tarifa exigida para poder salir de España, la conversión era la única opción realista para ellos.