Los principales espacios del convento son la iglesia, el refectorio, el claustro mayor en estilo renacentista, cocinas, dormitorios, enfermería y la estancia que ocupaba la antigua iglesia conventual, que fue reutilizada como cementerio.[3] Durante el proceso de restauración se detectaron diferentes enterramientos que fueron trasladados a otro lugar.En las galerías situadas alrededor del claustro se disponen diversas dependencias, entre ellas el despacho de la abadesa, enfermería, provisoría, celdas, refectorio y escalera principal.[9] Su construcción se inició en el siglo XV y es de estilo gótico-mudéjar.Los retablos fueron realizados por Martínez Montañés y miembros de su taller, el retablo mayor está dedicado a Santa Clara que se encuentra representada en la hornacina central, los cuatro retablos laterales están dedicados a San Francisco, San Juan Bautista, la Inmaculada y San Juan Evangelista.El recinto dispone de un coro bajo y un coro alto en los que puede contemplarse la sillería y el facistol que son obra de Diego López Bueno fechada en 1594.En los muros laterales se ubican cuatro retablos más pequeños, dos a cada lado.
Fragmento del friso de yesería del siglo
XIII
descubierto durante el proceso de restauración.
Patio del claustro principal
Azulejos de dos por tabla en las galerías del claustro.
Refectorio y púlpito
Azulejos del siglo
XVI
de Hernando de Valladares, situados sobre la pila de agua bendita, se representa una cruz flanqueada por dos ángeles, el Sol y la Luna.
