El jardín fue oficialmente declarado activo en 1635 y abierto al público en 1640.
Conocido también como el Jardín del Rey (Jardin du Roy), en él se cultivaban plantas medicinales, especímenes botánicos europeos y exóticos, y se conservaban en él especímenes de historia natural de todo tipo como muestras secas de plantas, pieles y esqueletos de animales, minerales, y curiosidades varias adquiridas en viajes de exploración.
Este proyecto suscitó numerosas oposiciones entre las cuales la de la facultad de medicina de la Universidad de París que veía un concurrente respeto a la enseñanza universitaria, puesto que la enseñanza en el Jardín del Rey estaba abierta a todo el mundo y se hacía en francés y no en latín como se hacía a la Universidad.
Luis XIII no permitió que el Jardín del Rey expidiera diplomas y hasta la Revolución francesa sólo contaba con tres profesores: de botánica, anatomía y química.
En 1718, el Jardin royal des plantes médicinales pasó a ser el Jardin royal des plantes.