Según explican R. Voss y N. Abramson, los autores de la propuesta, la especie tipo Mus (Holochilus) leucogaster Brandt, 1835 no cuenta con ejemplar tipo y se basa en realidad en un espécimen de Trinomys.
[3][4] Tradicionalmente en este género se incluía la especie extinta Holochilus primigeneus conocida desde el Pleistoceno medio de Bolivia; la cual al momento de describirla en el año 1996, Scott Steppan la consideró posiblemente el taxón ancestral de los Holochilus vivientes.
[5] Sin embargo, descubrimientos posteriores concluyeron en separar a este taxón de Holochilus e incluirlo en un género monotípico: Reigomys primigeneus.
[6] La taxonomía de los Holochilus vivientes todavía presenta numerosos interrogantes.
Sobre la base de diferencias en la morfología cráneo-dentaria, se reconocen al menos 4 morfotipos, los cuales son asimilables con las formas nominales de 4 sendas especies.