El Museo Nacional de Historia Natural es la primera institución científica y museológica del Uruguay.[1] Entre el 9 y el 14 de diciembre de 1837, el Museo realiza la primera expedición científica, integrada por Vilardebó, Berro y Arsène Isabelle, para extraer lo que se dio en llamar el "fósil del Pedernal“.Un conflicto de poderes entre la Junta y el Gobierno hizo que el traspaso de la Biblioteca y Museo a la Junta, sólo durara hasta 1870, en que retornó a la órbita del Gobierno central.En 1879, el Museo Nacional se traslada al ala Oeste del Teatro Solís, local que ocupó durante 120 años.Berg y Arechavaleta serán los dos primeros eslabones de una cadena de directores (técnicos y funcionarios) que van a ser los responsables del incremento patrimonial continuado que llevará a la actual riqueza del Museo.En realidad, en esa época, el Museo Nacional no era una unidad monolítica, ya que contaba con dos directores: Juan Mesa, como Director del Museo Nacional en las secciones de Bellas Artes, Historia y Archivo, y Carlos Berg como Director del Museo Nacional de Historia Natural.Refiriéndose al edificio, el Ministro de Fomento, ingeniero Capurro, en su Memoria a la Honorable Asamblea General (1892), dice:"Nuestros Museos adolecen para sus desarrollos de las deficiencias del local en que hoy están establecidos.200.000 volúmenes, constituyéndose en la biblioteca especializada más importante del país y de la región.[2] El acervo científico del Museo Nacional de Historia Natural está constituido por ca.Cuenta con un Herbario de aproximadamente 80.000 plantas, principalmente fanerógamas, en su mayoría procedentes del Uruguay.Recién a mediados del siglo XX J. C. Martínez-Macchiavello reorganiza y cataloga la colección existente en el museo.
Anterior sede del Museo, actualmente funciona allí la administración del mismo, la biblioteca y las colecciones científicas
El único cráneo conocido de
Josephoartigasia monesi
, el roedor más grande de la historia, es una de las piezas principales del museo.