[1]​ Con la renuncia de Lacerda, que se negó a entregar el gobierno a su oponente electo, Negrão de Lima, y tras la destitución por el régimen militar del vicegobernador Elói Dutra, Raphael fue nominado candidato por voto indirecto para completar el mandato.

[2]​ Raphael se negó a formar parte del movimiento de redemocratización del Frente Ampla, bajo el liderazgo conjunto de Carlos Lacerda, Juscelino Kubitschek y João Goulart, porque pensaba que no era más que un acto quijotesco, sin consecuencias populares, como de hecho ocurrió.

Detenido poco después, con motivo del AI-5, Raphael abandonó temporalmente la política.

Para entonces, Raphael se había convertido en un socio decidido del senador Teotônio Vilela en las articulaciones de la apertura y en uno de los políticos más estrechamente asociados a Ulises Guimarães.

En 1986, invitado por el Presidente José Sarney, Raphael Magalhães asumió el Ministerio de Seguridad y Asistencia Social, donde impulsó un vigoroso programa de informatización y seguridad rural.