En un principio Guru Ram Das comenzó a construir el Santokhsar Sarovar, cerca del poblado de Sultanwind en 1564, obra que no pudo completar hasta 1588.Sain Mian Mir poseía una estrecha amistad con Guru Arján e intentó interceder cuando este fue capturado, torturado y muerto a manos del emperador Jahangir.Dos banderas, representando la soberanía temporal y espiritual Sij fueron izadas frente al Akal Takht.En 1709, habiendo los mogoles ocupado gran parte del Panyab y dada la criticidad de la situación generada por el bloqueo, el religioso y notable Shaheed Bhai Mani Singh decidió entregar la ciudad para poner fin al asedio.Deep Singh se había dicho antes de partir a la batalla "Que mi cabeza caiga sólo en el Darbar Sahib" y marchó al combate.La ciudad fue recuperada, pero Deep Singh fue decapitado, leyendas populares afirman que una vez decapitado siguió luchando sosteniendo su cabeza con su mano izquierda y su espada con la mano derecha,[6] llegando a entrar a la ciudad de Harminder Sahib y depositándola allí.Durante el siglo XVII, Amritsar así como toda la comunidad Sij enfrentó grandes dificultades, numerosas veces sus templos fueron profanados y sus sagrados monumentos destruidos, período que concluyó con el establecimiento del estado soberano de Misl en Panyab en 1765.Distintos sardārs construyeron sus casas (buṅgās) en la periferia del sarovar principal, así como también sus guardias (kaṭṛās), alentando a comerciantes, artesanos, y mano de obra calificada, para residir allí también.Sardār Desā Singh Majīthīā (muerto en 1832), que había sido designado director de los santuarios de la ciudad desde su ocupación por Ranjit Singh, donó el oro para dorar la parte superior del Bābā Attal.Los residentes musulmanes de Amritsar abandonaron masivamente la ciudad debido al violento movimiento antimusulmán que se gestó, dejando atrás sus casas y muchas veces sus pertenencias.Una situación similar se vivió en Lahore, donde la violencia contra los hindúes y sijes los forzó a ser evacuados masivamente.En respuesta a esto la primera ministra Indira Gandhi ordenó la operación Bluestar (estrella azul).Murieron muchos de los seguidores de Bhindranwale, algunos soldados del Gobierno y muchos visitantes religiosos a los que se les prohibió abandonar el templo una vez que comenzaron los intensos tiroteos.[9] Muchos sijes consideraron el ataque como una profanación a su sitio más sagrado.La ciudad cuenta con el moderno Aeropuerto Internacional Sri Guru Ram Dass Jee situado a 11 km al noroeste de la ciudad, sobre la carretera Amritsar-Ajnala, cercano al pueblo de Rajasansi.Amritsar está masivamente conectada a la red ferroviaria india, con servicios diarios desde y hacia Delhi, Mumbai, Kolkata, Chennai, Hyderabad, Thiruvananthapuram, Indore, Bhopal, Agra, Gwalior, Jabalpur, Ujjain, Ahmedabad, Pune, y otras grandes ciudades indias.La estación Amritsar concentra la mayoría de los servicios y es la más grande del distrito.Ferrocarriles Indios ha propuesto un tren de alta velocidad para el servicio Delhi-Amritsar vía Chandirgah y Ambala.Este tren, se supone, circulará a una velocidad máxima de 350 km/h, servicio únicamente comparable, en india, al Bhopal Shatabdi Express.Otros trenes de este tipo han sido propuestos para Mumbai, Ahmedabad, Pune, y Kolkata.Servicios diarios de bus se ofrecen hacia Ambala, Delhi, Chandigarh y Jammu.Obras para ampliar a cuatro carriles la gran carretera troncal han sido comenzadas.Se espera que esto ayude a resolver los graves problemas de tráfico y contaminación el aire.
