Por sus conocimientos de esa enfermedad, fue designado, junto al doctor Manuel A. Solís, para combatirlo en Petorca e Illapel, donde pereció su compañero.En el puerto, trabajó como médico obstetra y en 1870 fue nombrado jefe del Hospital de Sanidad.Allende fue fundador de las escuelas Blas Cuevas, las primeras controladas por la masonería en Chile.Günther Wessel escribe que «probablemente hay dos motivos para que Ramón fuera apodado el rojo Allende: por un lado, a causa de sus concepciones políticas radicales, pero por otro lado a causa de su llamativo pelo rojo».[5] Allende «luchó por los derechos civiles y por la separación de Estado e Iglesia.Al estallar la Guerra del Pacífico, abandona su escaño y marcha al frente como voluntario: es nombrado jefe del recién establecido servicio de ambulancias (una ambulancia era un hospital volante, desarmable, de veinte camas, con un equipo de cirujanos y enfermeros, y el material quirúrgico adecuado).Sepultado con grandes honores, dos futuros presidentes estuvieron entre los que llevaron su ataúd: José Manuel Balmaceda y Ramón Barros Luco; el discurso fúnebre lo pronunció Enrique Mac Iver.
