Se volvió a organizar en 2000 como carrera del campeonato nacional y a partir de 2005, es puntuable para el Campeonato Asia-Pacífico de Rally.

Al estar tan cerca del ecuador, suponía una dura prueba para los pilotos que tenían que competir con temperaturas extremas y altos niveles de humedad.

El trazado de la prueba era de tierra y se embarraba rápidamente ya que era fácil que lloviese, lo que suponía todo un reto la elección de los neumáticos y no quedarse atrapado en el barro.

Aunque ya existían pruebas sobre el continente asiático (Australia y Nueva Zelanda) puntuables para campeonato del mundo, la FIA decidió incluir en 1996 el Rally de Indonesia.

A pesar de que los aficionados locales respondieron muy bien, los patrocinadores (principalmente multinacionales) pagaron la cuenta de la carrera tres años, y luego la prueba desapareció y volvió a ser puntuable para el campeonato de Asia-Pacífico.