El término municipal de Rafelcofer es mayormente llano, excepto una porción del monte del Rabat (167 m) hasta el mojón trifinio con Alquería de la Condesa y Fuente Encarroz al suroeste.
El otro accidente físico destacado es el barranco de Palmera, que bordea el casco urbano por el norte, continua hacia Alquería de la Condesa y el pueblo que le da el nombre.
El agua para el riego procede del río Serpis y es distribuida por medio de acequias.
Hasta finales del siglo XIX tuvo relativa importancia el cultivo de la vid moscatel para la confección de pasa, pero, tras la filoxera y con la introducción intensiva del naranjo, ha sido este árbol el que configura el paisaje agrario.
Otros cultivos de la huerta son las patatas, las judías, el maíz y la alfalfa.