Fue fundado en 1959 por Federico Rutllant Alsina, director de ese entonces del Observatorio Astronómico Nacional, quien estableció comunicaciones con los astronautas americanos de AURA (Association of Universities for Research in Astronomy) con el fin de impulsar el estudio e investigación de la astronomía en Chile.
[2] A su vez, es el primer observatorio de su tipo en realizar investigaciones en Latinoamérica.
Luego, en el año 1950 es designado como director del Observatorio Astronómico Nacional de Chile[4] el profesor Federico Rutllant Alsina (1904-1971) y bajo su cargo se impulsa con mucho énfasis el desarrollo de la investigación astronómica en Chile.
Mediante su gestión, se logró establecer comunicación con los astronautas estadounidenses de AURA, logrando así su apoyo para crear distintas instalaciones y poder desarrollar ideas en cuanto a la investigación astronómica, entre estas, una de las más importantes fue impulsar la idea de construir un observatorio astronómico en el norte de Chile, el cual fue construido en el año 1963 en el cerro Tololo.
De esta forma, el Radio Observatorio de Maipú fue una instancia desarrollada en conjunto y por primera vez, con una institución extranjera y de renombre como la Carnegie Institution de Washington, cuyo desarrollo queda plasmado en el texto La Transformación en un Observatorio Moderno (1923 – 1965) del OAN: Desde la mitad del siglo XX, Federico Rutllant Alsina además de llevar adelante la creación del Radio Observatorio de Maipú, también fue una figura relevante para la creación de proyectos que vieron la luz en años posteriores a su gestión como director del OAN (1950-1964).