Este curso hídrico fue centro de una disputa entre los gobiernos de Bolivia y Chile respecto a su denominación, naturaleza, curso y uso,[4] llegando incluso a presentarse una demanda ante la Corte Internacional de Justicia para determinar dichas características, caso que fue analizado entre 2016 y 2022.
Luego de unirse ambos cursos hídricos e iniciar un pequeño cañón, el Silala baja unos 720 m hasta llegar a la frontera de Bolivia y Chile; desde ese punto recorre aproximadamente 7 kilómetros hasta unir sus aguas en 22°2′31″S 68°4′44″O / -22.04194, -68.07889 con el río Cajón, en Chile, para dar origen al río San Pedro de Inacaliri.
Este último río luego llega al Loa, el río más largo de Chile y el principal afluente hídrico que cruza el desierto de Atacama, que desemboca en el Océano Pacífico.
[6] Chile afirma que se trata de un curso de agua nacido en Bolivia pero que escurre en forma natural hacia el oeste, debido a la pendiente del terreno, cruzando así la frontera, lo cual lo convierte en un curso hídrico sucesivo y transfronterizo, es decir, un río internacional –denominado río Silala o río Siloli–,[7][8] que pertenece a la cuenca hidrográfica del río Loa y por ende a la hoya hidrográfica del Océano Pacífico, sometido al Derecho internacional que regula los cursos de agua internacionales para fines distintos de la navegación, al tratarse de un recurso hídrico compartido, donde ambas naciones tienen derecho a usar sus aguas de manera razonable y equitativa,[9] indicando que las obras de ingeniería que se hicieron en su cauce fueron menores, sin alterarlo, y únicamente al objeto de reducir la pérdida de agua por infiltración.
[10] En 2016 Chile demandó a Bolivia ante la Corte Internacional de Justicia ubicada en la ciudad neerlandesa de La Haya, y es en la contramemoria presentada por Bolivia donde reconoce al curso de agua como río, reduciendo la controversia a lo que llamó obras artificiales realizadas por Chile que habrían aumentado el caudal en un 30%.