El tramo alto del río Montoro, en la zona del tramo alto prácticamente virgen puede reconocerse un mosaico bien conservado de tamujares, alisedas, y fresnedas; además aparecen espinares de orla, saucedas, brezales higrófilos y diversas formaciones helofíticas, acuáticas y anfibias.
Todas las comunidades vegetales citadas anteriormente son hábitat de interés comunitario en la UE y/o protección especial en Castilla-La Mancha, y dan cobijo a varias especies vegetales protegidas regionales entre las que pueden citarse: Acer monspessulanum, Dictamnus albus, Pyrus bourgaeana, Osmunda regalis, Spiranthes aestivalis, Alnus glutinosa, Scilla ramburei, Sorbus aria, Euphorbia paniculata, Erica lusitanica, Armeria genesiana, Quercus canariensis, Sideritis lacaitae.
[5] El tramo bajo y final del río Montoro es el más desfavorecido de todo el recorrido del río pues esta zona que a duras penas mantenía en los meses más secos del año la vegetación de ribera con el poco caudal de las filtraciones de la antigua represa del Montoro, con la construcción del nuevo muro de represa del Montoro inaugurado en el 2007, ha eliminado estas filtraciones y durante los tres o cuatro meses más calurosos y secos del año queda completamente seco, lo que ha dado lugar a que se seque la vegetación de ribera sobre todo los fresnos que aquí crecían, con todo siguen persistiendo tamujales y adelfares.
Entre las comunidades rupicolas de mayor interés se encuentran las originadas por Genista polyanthos, Polypodium interjectum, y Coincya longirostra.
Poco después al juntarse el río Montoro con el Fresnedas forman el Jándula.