Etimológicamente, el topónimo Lapataia era la denominación otorgada por los yámana en su propia lengua, y significa 'bahía del bosque' o 'bahía de la madera', en referencia al fiordo donde este curso fluvial desemboca.

Un enorme glaciar que en las últimas fases de las glaciaciones cuaternarias, descendió desde la cordillera avanzó por un valle longitudinal, al cual fue pulieron el fondo con sus hielos.

Si bien geomorfológicamente Lapataia es un fiordo dado su origen (específicamente un y por su forma es un golfo, el término bahía es el accidente marítimo toponímico que la individualizó en la bibliografía.

[7]​ En el territorio chileno, explica Hans Niemeyer, El río Lapataia o Roca nace de ventisqueros colgantes situados en los alrededores del Cerro Dalla Vedova (2300m) y corre con múltiples meandros en un ancho valle relleno de sedimentos fluvio glaciales hasta vaciarse en el extremo NO del lago Roca, tras un recorrido superior a 30 km.

Apenas nace, este curso fluvial se abre en dos brazos para rodear a la isla El Salmón o Robinson.

De esta manera rodean otra isla llamada Entre Ríos o Sonrisa,[8]​ mucho mayor que la anterior, la cual mediante puentes es atravesada por la ruta nacional 3.

Regulan su escurrimiento en especial la nieve estacional, la que presenta en las altitudes más elevadas gran desarrollo, estabilidad y capacidad de almacenamiento.

Entre enero y marzo se producen los aportes del agua retenida tanto por los casquetes glaciarios como por el detrito cordillerano, en ambos es liberada lentamente, otorgándole una mayor estabilidad al caudal de este río.

El transporte de los troncos se hacía en parte mediante jangadas empleando al río Lapataia;[16]​ aún a comienzos del siglo XXI era posible observar dentro de sus aguas las empalizadas que se colocaron para atajar y orientar la madera flotante.

En razón de estas alteraciones, se observan algunos sectores con pastizal, en donde las especies arbóreas australes del original bosque magallánico no han logrado aún recomponer el hábitat forestal a pesar de que estos impactos han disminuido considerablemente.

En la cuenca del río Lapataia los introducidos castores canadienses han alterado fuertemente los bosques cortando los árboles o matándolos al inundar superficies boscosas, afectando también el hábitat fluvial.

En río Lapataia se encuentra el kilómetro 3075 (o 3059 según algunos carteles) de la Ruta Nacional 3, la cual nace en la ciudad de Buenos Aires y concluye en el denominado «Fin del Mundo» paraje que se encuentra a 3 km del último puente sobre este río.

Tanto en el lago como en el río están prohibidas las embarcaciones a motor, pero se permiten los kayaks y canoas.