El río fluye principalmente en dirección este (lago Victoria), aumentando su caudal con los aportes de varios afluentes.
En su transcurso se convierte en límite natural de los distritos de Butambala, Ibanda, Bukomansimbi, Gomba, Kalungu, Kiruhura, Sembabule, Mityana, Kamwenge, Mpigi y Mubende.
[1][2] Las laderas ugandesas del Ruwenzoris dirigen sus desagües en dirección al oeste del Katonga, y de allí a los lagos George y Edwardo.
[4] La cuenca del humedal donde el río deriva sus aguas se encuentra cerca de la Reserva de Vida Silvestre Katonga, aproximadamente a 120 kilómetros del lago Victoria.
La reserva tiene humedales estacionales y permanentes, con espacios de bosque tropical.