Nace en Cabra en los límites del parque natural de las Sierras Subbéticas, concretamente en el paraje llamado Fuente del Río, aunque recibe también aportes de algunos arroyos que bajan desde la Sierra de Cabra y, en años muy lluviosos, también desde la llamada Fuente Vieja, muy próxima al nacimiento.

En las últimas décadas la flora y fauna relacionadas con los cursos fluviales han sufrido un gran deterioro debido a múltiples causas, de todas formas, a lo largo del recorrido del río Cabra encontramos diversos ecosistemas más o menos humanizados o naturales donde la flora característica viene representada por especies como la caña común (Arundo donax), el álamo blanco (Populus alba), el sauce (Salix alba), la zarza (Rubus ulmifolius) o el junco (Juncus effusus).

También algunas especies de anfibios, cada vez más escasos, como la rana común (Pelophylax perezi) o el sapo común (Bufo bufo) así como tortugas terrestres (Testudo hermanni y Testudo graeca).

A las márgenes del cauce acuden también grandes mamíferos como el jabalí (Sus scrofa) y otros de menor envergadura como el gato montés (Felis silvestris) o el tejón (Meles meles).

Por otro lado, hay que reseñar el aporte del mismo al abastecimiento humano en Cabra.