El río Boise corre aguas abajo manteniendo el mismo rumbo suroeste hasta llegar a la cola del largo embalse de Arrow Rock, donde se une al último de sus tres ramales, el ramal Sur («South Fork»).

Sigue aguas abajo y vira nuevamente, esta vez hacia el Noroeste, discurriendo por la vertiente nororiental de las montañas Danskin, en la parte central del condado de Elmore.

Se une al río Boise procedente del sur, en un brazo del embalse Arrow Rock, a unos 30 km al este de Boise.

En este último tramo discurre por una amplia llanura de inundación, con muchos cursos trenzados a medida que se acerca al río Snake.

Marie Dorion, la esposa de uno los muertos, y sus dos hijos lograron escapar y viajaron más de 200 millas en nieve profunda para llegar hasta los amistosos indios Walla Walla en el río Columbia.

[2]​ A partir de 1813, toda la zona del Pacífico Noroeste comenzó a ser controlada por la británica Compañía del Noroeste, dedicada al comercio de pieles.

Algunos creen que el nombre puede derivar de un temprano uso por los tramperos y montañeses.

[4]​ Aunque otros dan crédito a una historia de la expedición del capitán Benjamin Bonneville (1832-34).

Según la historia, un guía de habla francesa, abrumado por la vista del verde río, gritó «Les bois!

McKay, aunque se había jubilado en 1833, fue enviado por el factor Jefe de la de HBC, John McLoughlin, a establecer Fort Boise para competir con el recientemente construido fuerte Hall, un fuerte estadounidense situado casi 500 km (300 millas) al este, a orillas del mismo río Snake, cerca de la actual Pocatello.

[6]​ En 1853, una inundación dañó el fuerte y en 1854 a unos pocos kilómetros del mismo, tuvo lugar la masacre Ward, en la que diecinueve miembros de una caraavana de emigrantes a Oregon fueron asesinados por los shoshone[7]​ El fuerte se consideraba insostenible y con la desaparición del comercio de pieles fue abandonado en 1855.

Las represas que forman los embalses de montaña fueron construidos como parte del Proyecto Boise para proporcionar energía hidroeléctrica, agua potable, y controlar las inundaciones en la ciudad de Boise y sus alrededores.

El río es un destino muy popular para los piragüistas y aficionados al ráfting en aguas bravas.

En esta sección del río hay largemouth bass, lubina negra o perca americana («smallmouth bass»), y pez gato de canal («channel catfish»).