Aunque la masacre del río Bear de 1863 producida en el actual Condado Franklin se considera que es la batalla más occidental de la Guerra Civil Americana, la conmoción causada por la Guerra Civil y Reconstrucción fueron preocupaciones lejanas en el comparativamente estable Territorio de Idaho, una situación que a su vez promovió el asentamiento de colonos.

La lucha política interna se hizo particularmente viciosa en 1867, cuando el gobernador David W. Ballard pidió la protección de las tropas federales estacionadas en Fort Boise en contra de la legislatura territorial.

El descubrimiento de oro, plata y otros valiosos recursos naturales comenzó en la década de 1860, así como la realización del Ferrocarril Transcontinental en 1869, que trajo muchos inmigrantes al territorio, incluyendo trabajadores chinos que vinieron a trabajar en las minas.

Cuando Idaho se acercaba a tener la condición de Estado, la minería y otras industrias extractivas se volvieron cada vez más importante para su economía.

En la década de 1890, por ejemplo, Idaho exportó más plomo que cualquier otro estado.

El Old Idaho State Penitentiary fue añadido a la lista del Registro Nacional de Lugares Históricos en 1974 por su importancia como Prisión Territorial.

Las poblaciones de Lewiston, Boise y Silver City ya tenían periódicos en 1865.

Había cuatro mil chinos viviendo en el territorio de Idaho desde 1869 hasta 1875.