El territorio consistía en su mayor parte en la zona más al norte del área incluida en la compra de la Luisiana.

Cuando Minnesota se convirtió en estado en 1858, el área al este del río Misuri quedó desorganizada.

John Blair Smith Todd, primo político de Abraham Lincoln, reclamó personalmente la concesión del estatus de territorio ante Washington tres años después.

En 1863 se transfirió el área que hoy pertenece a Montana y Wyoming al Territorio de Idaho.

Un año después Idaho cedió gran parte del actual Wyoming de nuevo a Dakota, territorio que en 1868 pasaría a formar el Territorio de Wyoming.