Georg Helm publicó un tratado titulado "Los principios de Química matemática: la energética de los fenómenos químicos" en 1894.
[2] Algunas de las publicaciones periódicas contemporáneas que están más especializadas en este campo son MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry, publicada por primera vez en 1975, y el Journal of Mathematical Chemistry, publicado por primera vez en 1987.
Los modelos básicos que emplea la química matemática son el grafo molecular y el índice topológico.
En 2005, la Academia Internacional de Química Matemática (International Academy of Mathematical Chemistry, IAMC) fue fundada en Dubrovnik (Croacia) por Milán Randic.
En 2009, los miembros de la Academia eran 82 científicos de todo el mundo, entre los que se encuentran seis científicos galardonados.