Está atravesado por la carretera autonómica M-505, que une los términos municipales de Las Rozas de Madrid, Galapagar y El Escorial.

Está rodeado de diferentes montes, entre los que destacan los Altos del Ahijón (941 m s. n. m.), que sirven de transición entre los materiales graníticos de la sierra de Guadarrama y la llanura sedimentaria de la depresión del Tajo.

Por su lado oriental discurre el río Guadarrama, que, en ese punto, ha descendido a una altitud de 675 m. En las cercanías del puerto se hallan las ruinas de la presa inacabada de El Gasco, levantada en el siglo XVIII como embalse regulador del canal del Guadarrama.

La zona presenta un clima mediterráneo continentalizado de carácter atenuado, con lo que, dado su rango altitudinal, no son frecuentes las precipitaciones de nieve.

El puerto de Galapagar está incluido dentro del Parque regional del curso medio del río Guadarrama y su entorno, que protege las riberas de este río a su paso por la Comunidad de Madrid.