Cuando estalló la guerra civil entre Cayo Julio César y Cneo Pompeyo Magno, tomó primero el bando del líder de los optimates, Pompeyo, pero pronto se vio obligado, presionado por sus acreedores, a buscar refugio en el lado de César.

Este marchó a Hispania para luchar contra los Pompeyanos y le envió con una flota al mar Adriático, donde no hizo ninguna acción de mérito.

En apenas dos años Tulia, su esposa, quedó embarazada dos veces y tuvo dos hijos, pero abandonó a su marido cuando esperaba el segundo.

César le prometió el consulado para el año 44 a. C., a pesar de que Dolabela tenía tan sólo 25 años de edad, y todavía no había sido pretor, pero después no cumplió lo prometido y se designó a sí mismo como cónsul para ese año.

Dolabela intentó establecer buenas relaciones con Marco Junio Bruto y los otros líderes de la facción optimate para ser confirmado en su puesto.

Cuando las tropas de Casio entraron en la ciudad, Dolabela pidió a un soldado que le clavara su espada.