Años después, la Constitución de 1939 creó el Ministerio Público o Fiscal cuyo titular sería nombrado por el Poder Ejecutivo y su jurisdicción estaría “bajo la inmediata dependencia del Ministerio de Justicia”.
El primer funcionario fue nombrado por el presidente Maximiliano Hernández Martínez en 1940, y tenía su oficina en el Palacio Nacional.
Por otro lado, el presidente en funciones, Óscar Osorio, estableció competencias propias del sistema educativo a la Procuraduría General de Pobres al otorgar una beca de estudios.
Para 1956 la institución se encontraba en el costado norte del Parque Infantil, ocupando su primer edificio propio.
A inicios de los años 1960 la entidad fue trasladada al Barrio San Jacinto, y durante el gobierno de Fidel Sánchez Hernández sería nombrada por primera vez una mujer al frente de la institución.