Su padre, Heinrich Marpeck, provenía de Rosenheim en Baviera y se estableció en Rattenberg (Austria) a orillas del Eno, donde fue integrante del concejo de la ciudad, juez (1494-1502) y alcalde (1511).
Pilgram vivía en excelentes condiciones económicas y era considerado un ciudadano respetable de Rattenberg.
Los siguientes 12 años vivió como "errante ciudadano del cielo", viajando por Suiza, Moravia, sur de Alemania, el Tirol y Alsacia, donde contribuyó a fundar múltiples congregaciones anabaptistas.
Pilgram Marpeck tuvo una hija, Margarethe, de su primera esposa, Sofía Harer, quien falleció tempranamente.
Después se casó con Ana con quien no tuvo descendencia, pero la pareja adoptó a tres niños.