[3]​ Luego, pasó al Magdalen Hall, Oxford, donde estudió bajo la tutela de un tutor puritano.

[5]​ Se enfrentó al tribunal episcopal y huyó a Holanda, pasando los años 1633–1640 en el exilio.

[6]​[7]​ Más tarde ocupó la parroquia de Acton y fue enviado por el Parlamento en una misión al encarcelado rey Carlos I.

Se opuso a "un presbiterio con un estado civil", pero por lo demás le gustaba el presbiterianismo por sus firmes puntos de vista bíblicos.

[18]​ Nye, junto con Thomas Goodwin, abogó enérgicamente por permitir que los judíos regresaran a Inglaterra.

Su súplica contó con el estímulo directo de Cromwell, aunque salvajes rumores antisemitas y una antipatía pública generalizada hicieron que la readmisión fuera políticamente imposible.