Sirvió como capellán de Oliver Cromwell y fue nombrado por el Parlamento como Presidente del Magdalen College, Oxford, en 1650.

Goodwin cabalgó 35 millas desde Cambridge hasta Dedham para escuchar a este predicador puritano.

[5]​ Preocupado por su obispo, quien era un adherente ferviente de William Laud, renunció a todas sus prebendas y dejó la universidad en 1634; se convirtió en congregacionalista.

Fue enterrado en el cementerio de Bunhill Fields: el epitafio en latín para su tumba, compuesto por Thomas Gilbert, fue censurado.

[7]​ En 1645, Goodwin publicó su tratado El Corazón de Cristo en el Cielo hacia los Pecadores en la Tierra, que fue rápidamente reimpreso y traducido al alemán.

Se ha afirmado que esta obra fue una inspiración para la devoción católica romana al Sagrado Corazón.

[7]​ Edmund Calamy estimó las cualidades de Goodwin como "un erudito considerable y un eminente teólogo, y tenía una habilidad muy feliz para comentar las Escrituras de manera que producía observaciones sorprendentes, que generalmente tendían a la ilustración".