Hijo de Pierre Hugonet, magistrado en el Ducado de Borgoña, hizo sus primeros estudios en Dijon junto con su hermano Guillaume.

Encaminado a la carrera eclesiástica, Philibert se doctoró in utroque iure en la Universidad de Pavía, tras lo cual regresó a Borgoña para desempeñarse como canónigo y después deán de Saint-Vicent; en 1470 el anciano Étienne se retiró de su obispado dejando a Philibert la administración de la sede, al mismo tiempo que Guillaume llegaba a ser canciller de Carlos el Temerario.

[5]​ Fue abad comendatario de varios monasterios en Francia,[6]​ obispo de Autun en 1484[7]​[8]​ y participó en el cónclave celebrado ese mismo año en el que fue elegido papa Inocencio VIII.

Muerto en Roma en 1484 a los 59 años de edad, fue sepultado en la iglesia de Santa Maria del Popolo sin memoria fúnebre.

[9]​[10]​ La lápida que hoy puede verse fue colocada en el siglo XIX.