Por el contrario, el Egipto bizantino experimentó un largo periodo de paz, desde el siglo V hasta principios del siglo VII, lo que le permitió experimentar un floreciente comercio y vida intelectual.
La antigua cultura egipcia fue olvidada poco a poco debido a la desaparición del sacerdocio pagano, pues ya en el año 392, el propio Teodosio había ordenado cerrar todos los templos paganos del Imperio Romano.
Aunque el monofisismo es derrotado, los monofisistas de Egipto se reagrupan y crean una iglesia nacional, la Iglesia Ortodoxa Copta, que abole el uso del griego en sus cultos y utiliza en su lugar el copto.
Aunque Bizancio mantenía una fuerte presencia militar con una flota en Alejandría, bajo el reinado de Heraclio, Egipto sufrió dos invasiones: la primera en el 615, por el rey persa Cosroes II, la segunda en el 639 por Amr ibn al-As, lugarteniente del califa Umar ibn al-Jattab.
Con la complicidad de Mokukos (o Makokas), prefecto del Egipto Medio, entra en Menfis, captura la fortaleza de Babilonia en El Cairo y marcha hacia Alejandría, donde los melquitas (es decir, los griegos) opusieron gran resistencia.