Además de la Casa, Alfonso XI también concedió a su hijo, como se ha indicado, una gran «fazienda» junto con numerosas tierras y vasallos.

[6]​[28]​ Y el motivo del nombramiento de Pedro de Aguilar como nuevo canciller mayor, según Ostolaza Elizondo, fue el progresivo deterioro de las relaciones entre Alfonso XI y el arzobispo de Toledo debido sobre todo a razones económicas, ya que aunque el monarca había confirmado los privilegios de que disfrutaba la archidiócesis toledana, no estaba conforme con que esta última percibiera la mitad de los servicios que se recaudaban para el rey en la mencionada archidiócesis y que esta había obtenido por donación del rey Fernando IV.

[29]​ Además, Alfonso XI necesitaba urgentemente recursos en esos momentos para luchar contra los benimerines y para hacer frente a los conflictos internos suscitados por Don Juan Manuel y por Juan Núñez III de Lara, señor de la Casa de Lara.

[5]​ Aunque el título de canciller mayor de Castilla era «meramente honorífico», como señaló González Crespo, sí hay constancia de que en 1335 Pedro de Aguilar ordenó expedir un privilegio rodado que rubricó con la fórmula «El infante don Pedro, su fijo, lo mandó faser por mandado del dicho señor, a veinte e tres años que el sobredicho rey don Alfonso regno».

[34]​[35]​[d]​ Además, y según algunos autores, Pedro murió tras haber sido herido por un halcón,[33]​[35]​[34]​ y en la Gran Crónica de Alfonso XI su muerte es descrita del siguiente modo:[36]​[e]​ Tras la muerte de Pedro de Aguilar, sus tierras y su Casa pasaron a manos, por voluntad de Alfonso XI, de su hermano Tello de Castilla, a quien en esos momentos aún no se le había concedido ninguna «heredad o patrimonio».

[40]​[42]​ A finales del siglo XV, el cardenal Cisneros ordenó edificar la actual capilla mayor de la catedral de Toledo en el lugar que ocupaba la capilla de Santa Cruz.

[17]​ Y una vez obtenido el consentimiento de los Reyes Católicos, la capilla de Santa Cruz fue demolida y los restos de los reyes allí sepultados fueron trasladados a los sepulcros que el Cardenal Cisneros ordenó labrar al escultor Diego Copín de Holanda, y que fueron colocados en el nuevo presbiterio de la catedral toledana.

[17]​ Debido a la nueva colocación de los mausoleos reales, Alfonso VII compartió mausoleo, en el lado del Evangelio del presbiterio, con Pedro de Aguilar, cuya estatua yacente aparece colocada por encima de la que representa a Alfonso VII.