Hizo su primera apertura con los Dodgers el 30 de septiembre, permitiendo dos carreras y perdiendo ante los Rojos 3-1.Martínez se retiró inmediatamente del juego, y fue el lanzador ganador en la victoria de los Expos 1-0.Pedro Martínez fue también el primer lanzador derecho en llegar a 300 ponches con una efectividad por debajo de 2.00 desde Walter Johnson en 1912.Los 13 juegos completos estaban empatados en el segundo total más alto en una temporada en todo el béisbol desde que la carrera de Martínez comenzó (Curt Schilling tuvo 15 en 1998; Chuck Finley y Jack McDowell también llegaron a 13 en un año).Martínez de inmediato justificó su pago en 1998, con un récord de 19-7 y terminó segundo en la Liga Americana en efectividad, WHIP (Walks plus hits per inning pitched), ponches, y en las votaciones para el premio Cy Young.(Sin embargo, George King le había dado sus votos de MVP a dos lanzadores la temporada anterior: Rick Helling y David Wells.En su carrera, Martínez ha recopilado 15 o más ponches en un juego diez veces, empatando con Roger Clemens en el tercer puesto.Martínez volvió a demostrar su poder dominante en el Juego de Estrellas de 1999 en el Fenway Park, cuando ponchó a Barry Larkin, Larry Walker, Sammy Sosa, Mark McGwire y Jeff Bagwell en dos entradas y un tercio memorable.Inesperadamente, Martínez neutralizó la alineación de Cleveland con seis entradas sin hits para anotarse la victoria.Confiando totalmente en su curva, Martínez y los Medias Rojas ganaron el juego decisivo 12 por 8.Martínez se convirtió en el único lanzador abridor en la historia en tener tantos ponches en una temporada (284) como hits permitidos (128).Lanzó efectivamente en los playoffs, contribuyendo a la primera Serie Mundial el equipo en 86 años.Más tarde dijo a periodistas que había sentido algo en su pierna izquierda.Martínez fue diagnosticado con un tendón lastimado[4] y no regresó a la acción por más de dos meses.Siendo agente libre, Martínez no firmó con un equipo de grandes ligas durante el invierno.Sus 130 lanzamientos fueron la mayor cantidad que había tirado en un partido desde la Serie Divisional en octubre de 2003.Martínez lanzó efectivamente en su segunda salida histórica en la Serie Mundial, pero abandonó el partido en la séptima entrada final 2-1 y terminó perdiendo.Antes de su salida en la serie, Martínez se hacía llamar el mismo y a su lanzador oponente Andy Pettitte "old goats (chivos viejos)".Sanders furioso se dirigió hacia el montículo del lanzador y luego fue ridiculizado por la prensa, pues no había razón alguna para que un lanzador que está en medio de un juego perfecto quiera golpear de forma intencional a un bateador.[15] Martínez ha estado bastante cerca de lanzar un juego perfecto en varias ocasiones, sin haber tenido créditos por ellos.Se enfrentó a solo 28 bateadores y ponchó a 17 y sin dar bases por bolas (Martínez golpeó al primer bateador del juego, Chuck Knoblauch, pero fue puesto out al intentar robarse segunda base).Martínez había comenzado la noche golpeando el primer bateador, Gerald Williams, en la mano.Williams se dirigió al montículo, amenazando golpear a Martínez en la cara, pero fue detenido por el receptor Jason Varitek.Martínez ponchó a Barry Larkin, Larry Walker, y Sammy Sosa en forma consecutiva en la primera entrada.Ambos lanzadores se vieron envueltos en un duelo que registro una combinación de solo 9 sencillos, una base por bolas y 22 bateadores ponchados.En la parte baja de la novena entrada, los Yanquis llenaron las bases contra un cansado Martínez, pero los Yankees no lograron anotar, y Pedro completó la blanqueada.Con los Medias Rojas ganando 5-2 en el inicio de la octava entrada, un cansado Martínez lanzó su salida con problemas.Dejó fuera a los Cardenales de San Luis en siete entradas, registrando sus últimos 14 outs consecutivos.Desde entonces, los fanáticos de los Yankees (en particular los llamados "Bleacher Creatures") habitualmente coreaban "Who's Your Daddy?"Usándola en combinación con su devastador cambio y, en ocasiones mezclándola con su curva, lo hizo un lanzador dominante nunca visto en el juego.
Derek Lowe (izquierda) y Martínez celebrando la victoria de los Red Sox en la Serie Mundial de 2004.
Martínez lanzando con los Mets
Martínez con los Mets después de una firma de autógrafos
Martínez durante su breve temporada con los Filis en 2009