Durante 1858 lleva a cabo los estudios para la consolidación del Camino Blanco a la Ensenada; y en 1870, para instalar un tranvía entre Tolosa y Ensenada, actividades que le dan un amplio conocimiento de los terrenos que ocuparía luego la ciudad de La Plata.

En 1863 se le encarga la rectificación y la canalización del Riachuelo.

En el año 1859 el hacendado y político Juan Dillon encarga a Benoit el diseño de la planta urbana del pueblo de Merlo la que, según algunos historiadores[1]​ y al igual que la ciudad de Washington, fue diseñado en torno a un gran compás áureo, símbolo de la Francmasonería.

Por aquel entonces Benoit se instala en el pueblo de Merlo en donde vive durante las siguientes dos décadas.

Con la ayuda del maestro albañil español Antonio Ayerbe edifica la iglesia que Benoit mismo la clasifica como de estilo Gótico Ojival.

Puede decirse que Pedro Benoit jugó un papel fundamental en la creación del Partido de Merlo en 1864 cuando ante la consulta del gobernador Mariano Acosta acerca de la creación de un nuevo partido, Benoit como jefe del Departamento Topográfico dio su aprobación.