Sus correctas ediciones de los clásicos impresos con un estilo cuidado fueron muy estimadas aunque sus ventas no siempre le proporcionaron beneficios.

Este taller fue una fuente de problemas y gastos para Paulo durante los últimos cuatro años Antonio, que murió en 1559.

Los beneficios de las publicaciones se repartírían entre Paulo Manucio y la Cámara Apostólica.

Con mala salud, los intereses comerciales en Venecia abandonados y la falta de interés mostrada por Pio V hicieron que pensara abandonar Roma varias veces.

Su primogénito Aldo Manucio el Joven le sucedió en la gestión de la imprenta veneciana cuando su padre se estableció en Roma en 1561.