[15]​ Otros personajes introducidos durante esta época son Amanda Sefton, Mystique/Mística y Moira MacTaggert, con su centro de investigación genética en la Isla Muir.

En un movimiento controvertido, el Profesor X se trasladó al espacio exterior para estar con Lilandra Neramani, Majestrix del Imperio Shi'ar, en 1986.

Por desgracia, poco después de aliarse al grupo, Changeling muere en una misión haciéndoles creer a los X-Men que el verdadero Xavier había muerto.

Moira MacTaggert, una cercana colaboradora del Profesor X y los X-Men, e instalándose con ella en su Centro de Investigaciones Científicas en la Isla Muir, en Escocia.

La misión concluye cuando Illyana termina por convertirse en Magik, una poderosa hechicera que derrota a Belasco y toma el control del Limbo (Chris Claremont; Brent Anderson (1982).

Por otro lado, Arcángel está a punto de suicidarse, al perder sus alas tras la heridas infringidas por los Merodeadores, cuando es contactado por un misterioso mutante conocido como Apocalipsis.

[36]​ Con la supuesta muerte de los X-Men, tres integrantes que estaban inactivos en la lucha contra el Adversario (Kitty Pryde, Nightcrawler y Lockheed), deciden emigrar al Reino Unido.

)La esposa de Cíclope, Madelyne Pryor, se encuentra con los X-Men sirviendoles como asistente y monitoreando para ellos lo que ocurre en el mundo.

A esta situación se suma el abandono de Longshot, quién deja al equipo para seguir en su rebelión contra Mojo.

(Mark Waid; Scott Lobdell; Warren Ellis; Fabian Nicieza; Jeph Loeb; Steve Epting; Joe Madureira; Adam Kubert et ál.

[44]​ Los Vengadores y los Cuatro Fantásticos en realidad no mueren, sino que son transportados por Franklin Richards a una dimensión paralela ubicada en su mente.

Dos mutantes rescatadas por Iceman son llevadas a la Mansión X: Marrow (Médula), una exmiembro de los Morlocks, y la médico cirujana puertorriqueña Cecilia Reyes.

(Chris Claremont; Alan Davis; Terry Kavanagh; Erik Larsen; Fabian Nicieza; Joe Pruett; Bernard Chang; Rob Liefeld et ál.

Cassandra odia a la raza mutante y desprecia los ideales de Xavier, pues este la dejó sin cuerpo físico muchos años atrás, cuando intento dominarlo en el vientre materno.

El motín deja graves secuelas en la escuela: dos alumnos del equipo, Dummy y Sophie (una de las quintillizas Stepford Cuckoos) pierden la vida.

Cíclope se alía con Fantomex y juntos dirigen a los alumnos del Instituto, la única fuerza opositora contra Xorn en ausencia de los X-Men.

Jean Grey y Wolverine fueron enviado por Xorn en una falsa misión espacial, quedando atrapados en un cohete dirigido al sol, donde comienzan a sufrir una lenta agonía.

(Ed Brubaker; Mike Carey; Peter David; Craig Kyle; Christopher Yost; Marc Silvestri; Billy Tan; Scot Eaton et ál.

El Depredador-X llega por sorpresa y se suma al combate, matando a muchos Merodeadores, hasta que finalmente es destruido por Wolverine.

(Craig Kyle; Matt Fraction; Mike Carey; Zeb Wells; Peter Finch; Terry Dodson; Ibraim Roberson; Grag Land et ál.

Dándose cuenta del peligro que representa esta situación, los Vengadores deciden buscar a Hope y tomarla bajo su custodia para detener la amenaza potencial.

El disparo de Iron Man divide al Fénix en cinco fragmentos que se alojan en Cíclope, Emma Frost, Namor, Magik y Coloso.

Cráneo Rojo captura en dicho campo a Magneto, Evan Sabahnur (el joven hijo de Apocalipsis), la Bruja Escarlata y otros más.

Más adelante, Cráneo Rojo será finalmente capturado por los Vengadores y Bestia le extrae quirúrgicamente la parte de cerebro del Profesor X.

Finalmente puede convencer a la entidad cósmica para que la abandone como su avatar y la deje vivir en paz de nuevo en la Tierra.

Nate está muriendo a causa de un virus misterioso, por lo que decide «reparar» al mundo como un lugar mejor según su perspectiva.

[66]​ Los X-Men son transportados por Nate Grey a una especie de dimensión alterna, en donde les implanta recuerdos falsos para que no pudieran recordar sus antiguas vidas.

Intenta teletransportarse a su laboratorio secreto para corregir el problema, pero es capturado por Moira, quién se apoderó de todos sus conocimientos y habilidades.

La alineación del equipo original presentó a Cíclope, Jean Grey, Bestia, Ángel y Iceman (Hombre de Hielo) así como Profesor X.

Tras varios borradores que no prosperaron contrataron a Bryan Singer y en el año 2000 se estrenó la primera película de imagen real basada en los X-Men.