[15] Otros personajes introducidos durante esta época son Amanda Sefton, Mystique/Mística y Moira MacTaggert, con su centro de investigación genética en la Isla Muir.
En un movimiento controvertido, el Profesor X se trasladó al espacio exterior para estar con Lilandra Neramani, Majestrix del Imperio Shi'ar, en 1986.
Por desgracia, poco después de aliarse al grupo, Changeling muere en una misión haciéndoles creer a los X-Men que el verdadero Xavier había muerto.
Moira MacTaggert, una cercana colaboradora del Profesor X y los X-Men, e instalándose con ella en su Centro de Investigaciones Científicas en la Isla Muir, en Escocia.
La misión concluye cuando Illyana termina por convertirse en Magik, una poderosa hechicera que derrota a Belasco y toma el control del Limbo (Chris Claremont; Brent Anderson (1982).
Por otro lado, Arcángel está a punto de suicidarse, al perder sus alas tras la heridas infringidas por los Merodeadores, cuando es contactado por un misterioso mutante conocido como Apocalipsis.
[36] Con la supuesta muerte de los X-Men, tres integrantes que estaban inactivos en la lucha contra el Adversario (Kitty Pryde, Nightcrawler y Lockheed), deciden emigrar al Reino Unido.
)La esposa de Cíclope, Madelyne Pryor, se encuentra con los X-Men sirviendoles como asistente y monitoreando para ellos lo que ocurre en el mundo.
A esta situación se suma el abandono de Longshot, quién deja al equipo para seguir en su rebelión contra Mojo.
(Mark Waid; Scott Lobdell; Warren Ellis; Fabian Nicieza; Jeph Loeb; Steve Epting; Joe Madureira; Adam Kubert et ál.
[44] Los Vengadores y los Cuatro Fantásticos en realidad no mueren, sino que son transportados por Franklin Richards a una dimensión paralela ubicada en su mente.
Dos mutantes rescatadas por Iceman son llevadas a la Mansión X: Marrow (Médula), una exmiembro de los Morlocks, y la médico cirujana puertorriqueña Cecilia Reyes.
(Chris Claremont; Alan Davis; Terry Kavanagh; Erik Larsen; Fabian Nicieza; Joe Pruett; Bernard Chang; Rob Liefeld et ál.
Cassandra odia a la raza mutante y desprecia los ideales de Xavier, pues este la dejó sin cuerpo físico muchos años atrás, cuando intento dominarlo en el vientre materno.
El motín deja graves secuelas en la escuela: dos alumnos del equipo, Dummy y Sophie (una de las quintillizas Stepford Cuckoos) pierden la vida.
Cíclope se alía con Fantomex y juntos dirigen a los alumnos del Instituto, la única fuerza opositora contra Xorn en ausencia de los X-Men.
Jean Grey y Wolverine fueron enviado por Xorn en una falsa misión espacial, quedando atrapados en un cohete dirigido al sol, donde comienzan a sufrir una lenta agonía.
(Ed Brubaker; Mike Carey; Peter David; Craig Kyle; Christopher Yost; Marc Silvestri; Billy Tan; Scot Eaton et ál.
El Depredador-X llega por sorpresa y se suma al combate, matando a muchos Merodeadores, hasta que finalmente es destruido por Wolverine.
(Craig Kyle; Matt Fraction; Mike Carey; Zeb Wells; Peter Finch; Terry Dodson; Ibraim Roberson; Grag Land et ál.
Dándose cuenta del peligro que representa esta situación, los Vengadores deciden buscar a Hope y tomarla bajo su custodia para detener la amenaza potencial.
El disparo de Iron Man divide al Fénix en cinco fragmentos que se alojan en Cíclope, Emma Frost, Namor, Magik y Coloso.
Cráneo Rojo captura en dicho campo a Magneto, Evan Sabahnur (el joven hijo de Apocalipsis), la Bruja Escarlata y otros más.
Más adelante, Cráneo Rojo será finalmente capturado por los Vengadores y Bestia le extrae quirúrgicamente la parte de cerebro del Profesor X.
Finalmente puede convencer a la entidad cósmica para que la abandone como su avatar y la deje vivir en paz de nuevo en la Tierra.
Nate está muriendo a causa de un virus misterioso, por lo que decide «reparar» al mundo como un lugar mejor según su perspectiva.
[66] Los X-Men son transportados por Nate Grey a una especie de dimensión alterna, en donde les implanta recuerdos falsos para que no pudieran recordar sus antiguas vidas.
Intenta teletransportarse a su laboratorio secreto para corregir el problema, pero es capturado por Moira, quién se apoderó de todos sus conocimientos y habilidades.
La alineación del equipo original presentó a Cíclope, Jean Grey, Bestia, Ángel y Iceman (Hombre de Hielo) así como Profesor X.
Tras varios borradores que no prosperaron contrataron a Bryan Singer y en el año 2000 se estrenó la primera película de imagen real basada en los X-Men.