Es considerado por muchos como el segundo guionista más importante en la historia de la editorial, tras Stan Lee.

[10]​ Tras este período, Claremont se centra en sus estudios de actor y escritor teatral, aunque sigue escribiendo historias para Marvel.

Durante los dieciséis años que escribió Uncanny X-Men, Claremont escribió historias clásicas de estos personajes como la Saga de Fénix Oscura, Días del futuro pasado y Dios ama, el hombre mata[11]​ colaborando con dibujantes como Paul Smith, John Romita Jr.

[14]​ En 1993 escribió para Dark Horse la maxiserie de doce números Aliens/Predator: The Deadliest of Species, junto con el artista Eduardo Barreto, Jackson Guice y Susie Lee.

[15]​ Para Image, en 1994 escribió WildC.A.T.s (#10-13) junto con Jim Lee, introduciendo a Huntsman, un personaje de su propiedad.

En 1998, vuelve a Marvel con el cargo de director editorial y guionista regular de los 4 Fantásticos durante la cual crea a Valeria Richards;[18]​ también hace una saga en la serie de Wolverine.En 2000, vuelve a Uncanny X-Men y X-Men como guionista, dejándolas luego para lanzar la nueva X-Treme X-Men con el dibujante Salvador Larroca, que realizó íntegramente.

Tras una nueva etapa en Uncanny X-Men, con Alan Davis como dibujante, Claremont se ve forzado a dejar los guiones en manos de Tony Bedard, haciendo sólo los argumentos.

[24]​ Louise Simonson, su colega y editora durante su largo periodo en Uncanny X-Men, atribuye el éxito de los X-Men a la manera en que Claremont se aproximaba a los personajes, «Chris se los tomaba muy seriamente.

Además, Claremont promovió el uso de personajes femeninos fuertes, como Rogue, Tormenta, Moira MacTaggert[26]​ o Kitty Pryde, que en su momento estaban muy lejos de los papeles secundarios que solían desempeñar las mujeres entonces.

Además, se ha criticado su costumbre de utilizar la narración omnisciente en tercera persona para describir eventos que podían haberse explicado mediante imágenes.

También aparece junto a Len Wein en X-Men: días del futuro pasado como congresistas estadounidenses, siendo él, una de las personas en las que se transforma Mystique.

La novela tuvo relativo éxito en ventas, vendiendo más de mil copias alrededor del mundo.

Luego para 2006 publicó la novelización de la tercera y última parte, X-Men: The Last Stand la cual, en cierta forma, tuvo más éxito que la película.